教会的权柄、纪律和惩治在中国教会里，常忽略了教会的纪律，单讲爱心和容忍，造成教会纲纪松散，影响信徒犯了罪也自圆其说毫不知罪，让罪有机会在里面发酵，使整个教会和信徒失了敬虔生活及见证。故恢复执行纪律是很重要的。而纪律的执行，应从两方面着手：一个是教导方面，另一个是执行方面。
一、纪律的教导方面
1.执行纪律的重要性
神有慈爱，但也有公义，在民十五32-36记载了以色列人因为违反神的律例，在安息日捡柴，结果遭受处死。在新约记载了主如何斥责那些不敬虔的人，在可十一说主手里拿着绳子，把圣殿里做买卖的人赶走。教会领袖应在讲道、查经或平时的分享中向信徒灌输这个观念，让信徒知道执行纪律的重要性。加尔文认为︰所谓的教会必须符合三大特征，就是j宣讲福音k执行圣礼及l教会纪律，这样教会就有资格配称为教会了。加尔文非常重视教会的纪律，他认为教会纪律彷佛人身体内的神经一样，神经如果麻木了，教会便会瘫痪。因为教会一个很重要的功能是帮助个别的圣徒成圣，因此教会必须保持圣洁，为了荣耀神的名，叫神的名不会受损，也为了叫好的信徒不致受到败坏分子的影响，同时也叫那些偶然为过犯所胜的人因受纪律感到惭愧，而知罪悔改，因此在教会中必须执行纪律。透过纪律的执行，可让弟兄姊妹知道自己的过犯，而甘于受罚，在惩治的过程中，他可以思过悔改，把他们从罪中挽回过来，防止罪恶在教会中蔓延。德国有一位神学家名叫潘霍华曾经写了一篇文章叫做︰廉价的恩典（摘自潘霍华于1937年出版的《门徒的代价》）里面提到–
「廉价恩典是教会致命的仇敌。今日我们得为昂贵的恩典而战。
廉价恩典像把恩典拿到旧货摊上贱卖。廉价恩典就是传扬不须悔改的饶恕之道，
传讲不须遵守教会纪律的受浸之道，传讲不须认罪的擘饼仪式，
传讲不须个人忏悔的赦罪之道。廉价恩典就是不须要作门徒的恩典，
是缺了十字架的恩典,是没有复活和道成肉身的耶稣基督之恩典。」
2.对罪有清楚的观念
我们要分清那些是罪，该受惩治，就必需熟悉圣经的原则，在其中定出标准，如果教牧人员对圣经中有关纪律的教导不清楚，那么在遇到问题时就无所适从。教会必须处理的罪大致上可分为七类：
1．得罪了弟兄，却又不肯认错（太十八13-17）
2．假装爱主，欺哄圣灵（徒五1-11）
3．在教会中好为首，玩弄权术、争权夺利（约翰参书9）
4．背道结党说偏离真道的话（提后二17-18）
5．假师傅和假先知（彼后二1-3）
6．在行为、工作或信仰上专管闲事、不守规矩的人（帖后三6-14）
7．淫乱、贪婪、拜偶像等（林前五11-13）
以上有些是必须私下先处理的罪，有些是需要公开处理的罪，我们必须分清楚。接下来就是谈一些在圣经中公开执行纪律的例子。
二、纪律的执行方面
教会必须保持洁净才能看见圣灵的同工，如果教会成了藏污纳垢的地方，怎能有实质的增长？但拦阻教会洁净的常是一些自以为热心、爱主又不明白圣经真理的信徒（包括传道人）。
1. 惩罚亚拿尼亚
彼得在五旬节的时候，处罚亚拿尼亚。圣经没有显明这人是不是基督徒。使徒行传第五章第一节说：“有一个人名叫亚拿尼亚”，以下整段经文中连一个弟兄的称呼也没有，不过不管他是否是弟兄，但他确在教会中。他所作的事似乎不算很严重，因为他把田产卖了，私自留下几分，然后把余下的拿来放在使徒脚前，在我们看来这不过是不完全奉献而已！但使徒彼得责备他，说：“亚拿尼亚，为甚么撒但充满了你的心，叫你欺哄圣灵，把田地的价银私自留下几分呢？田地还没有卖，不是你自己的么？既卖了，价银不是你作主么﹖你怎样心里起这意念呢？你不是欺哄人，是欺哄神了。”
当时有许多信徒把田地都卖了，凡物公用。这“凡物公用”的原因可能是教会已经开始受逼迫了，因为犹太人一信了主，就不被他们的社会所接纳。有人因信主而家业被抢去，那些没有被抢的，就把家业变卖，把所有的拿出来，过一个凡物公用的生活。但这个亚拿尼亚把田产卖了却私自留下几分，然后把其余的拿到使徒面前，他并不是完全奉献，却故意使人以为他是完全奉献。
我们想，亚拿尼亚虽是装假，但这罪是否应受那么重的处罚呢﹖事实摆在眼前，这对夫妇都死在彼得的面前，为甚么要显这么大的神迹来对付这对夫妇呢﹖原因是为了在初期教会时代，使教会都持守在一个十分单纯的真爱里面，因为教会刚建立，若没有纪律加以维持，教会势必很快瓦解。“凡物公用”不是使徒吩咐信徒这样做，而是圣灵的工作使他们自动地把自己所有的拿出，帮助有需要的人，信徒在纯真的爱中过一个共同的生活，而亚拿尼亚竟将一些虚假的东西带进来，所以上帝立刻惩罚他，使他的虚假全都显露出来。今天教会的价值在哪里呢﹖就是在乎“真实”。对神对人都真实。世界没有真实的爱，教会有！今天我们的世界是虚伪的，但是教会应该是真诚的。如果教会也像世界一样的虚伪，这个教会应该关门，这个灯台要挪开，因为它已经不会发光了。
2. 马太福音第十八章的原则
彼得这样对亚拿尼亚是否太没有爱心﹖耶稣说：如果有弟兄得罪你，就要趁着只有二人在一处的时候，指出他的错，他若肯认错，你便得了你的弟兄。（太一八：15-21）。为甚么彼得没有照着做﹖而且主说这话时，彼得正是当事人。彼得所作的正像主耶稣所作的。主耶稣并不事先警告那些卖牛羊鸽子的人，一进圣殿便把人赶走，因为那不是私人的恩怨是非，是神家的事，不是损毁任何个人，而是损毁神的家。马太福音第十八章的教训如果完全应用于教会纪律上不是正确的应用，那是解决个人是非道德的原则，不是处理损害教会事件的原则，凡是使公众受损的，必须在公众之前更正。但若仅对某一个人造成损害的，却不一定要公开宣布。有些教会不管甚么事，全部用马太福音第十八章的次序与原则处理，彷佛全新约只有那几节经文是可以指导教会处理争端的，而忽略在新约书信中其实还有许多其它有关教会纪律的教导和处理原则，对于彼得对亚拿尼亚的处理模式与马太福音第十八章的原则完全是两回事。在新约其它书信中我们也看见有些罪必须是公开处理的，如果他已经涉及到全体会众的话，例如：
1. 保罗处置那位行法术混乱真道的以吕马使他眼瞎（徒一三：4-12）保罗绝不用那种先行个别谈 论辅导以后，再处理他所造成的问题，就是不用马太福音第十八章那样的模式处理。
2. 施洗约翰责备法利赛人说：“……毒蛇的种类，谁指示你们逃避将来的忿怒呢……”（太三：7），他为甚么这样公开指责他们呢﹖因为他们假意表演悔改是公开的、他们常常是假冒伪善的。神向来是根据人犯罪的事实，藉祂的仆人发出警告和责备，不是根据人为自己辩护的理由。
3. 保罗在书信当中责备哥林多人分争结党也是同一个原理。（林前一：10-17）他的指责当然使全教会都知道是谁在结党纷争。因为结党分争是关乎全教会的事，不是个人的事，他的责备也要向全教会发出，以更正错误的观念。这正合乎提摩太前书第五章20节的话：“犯罪的人当在众人面前责备他，叫其余的人也可以惧怕。”因为他所犯的罪已经损及全体教会的合一和圣洁，所以不能私了，这样其他想犯罪的人就不敢行恶了。
3.保罗当众责备彼得
在加拉太书第二章十一至十四节的记载中，保罗曾当众责备彼得。按世俗的观念，那真是丢脸的事，保罗为甚么要公开责备彼得﹖因彼得的错误立即影响了会众，这会让人对外邦人产生偏差的看法，与福音的真理不合。彼得的错误既是公开损害教会的，所以必须公开更正。
犹太人习惯上不跟外邦人一同吃饭，因为犹太人按旧约律法认为有好些外邦人的食物都是不洁净的，跟外邦人一同吃饭是有许多不方便的地方，但后来这习惯逐渐演变成为一种优越感，觉得不屑与外邦人吃饭，把他们看作是不洁净的。犹太人信主之后，住在耶路撒冷的信徒仍然保持原来的习惯，因是多年的传统，而且环境上犹太人占大多数，但在基督耶稣里本来就没有犹太人、外邦人之分，跟谁吃饭是一样，彼得明白这个道理，所以他从耶路撒冷到安提阿探望教会时，也跟外邦信徒一同吃饭。后来另一批信徒也从耶路撒冷来到安提阿，彼得见他们来到了，就不敢再跟外邦人吃饭，有少数人见彼得这样，他们也跟着行。“连巴拿巴也随伙装假”。
圣经明说彼得这样做是“假装”。保罗一见他行的不正，就在众人面前责备他（14节），彼得既明明知道可以和外邦人一起吃饭，为甚么要在耶路撒冷信徒面前假装作不要跟他们一起吃饭呢﹖这个“假装”似乎是一件很小的事，但实际上与福音的真理有关。按彼得所作的等于说外邦人虽然信了主，到底和犹太人还有些分别，仍然是次一等的，比不上犹太人。所以保罗立即公开责备他。保罗这样做是否有必要呢﹖是否按马太福音第十八章的原则﹖为甚么不先私下劝告彼得呢﹖因为这并不是两人之间的恩怨，乃是彼得的做法会影响当时在场的信徒对福音原理有错误的领会，必须当时当地指正，否则人散了就没法拉他们回来。这就是保罗当众责备彼得的原因。虽是当面指责，并不表示二人之间有甚么成见或恶意，他们都是为了神家与真理。正如箴言所说：“当面的责备，强如背地的爱情”（箴二七：5）
彼得有没有接受保罗的责备呢﹖按辈分彼得比保罗高，彼得传福音时，保罗还未信主。按理保罗应该尊重彼得。现在彼得受保罗这样的公开责备，他心中可有怀恨﹖如果他心中怀恨，暗里设法对付保罗，那就变成是个人的恩怨问题，不是关乎真理的对错问题了。但感谢主，彼得没有这样做，在他所写的彼得后书第三章十五至十六节他是如此说：“并且要以我主长久忍耐为得救的因由，就如我们所亲爱的兄弟保罗，照着所赐给他的智慧，写了信给你们，他一切的信上，也都讲论这事，信中有些难明白的，那无学问不坚固的人强解，如强解别的经书一样，就自取沈沦。”彼得既在晚年所写的书信中为保罗的书作见证，可见彼得心中与保罗没有芥蒂和嫌隙。如果彼得有，那就变成个人问题了，但彼得美好的灵性使他没有把真理的问题变成个人恩怨的问题，他们一心只求教会的纯净。