教会是一个爱的团体，但同时教会也是一个纪律的团体，如果教会只有讲爱没有纪律那么教会就会混乱、没有章法，但是如果教会只有纪律没有爱，那么这个教会将会僵化、越来越律法主义，因此在教会中爱与纪律缺一不可，也就是爱中有纪律，纪律中也有爱，而纪律的执行，应从两方面着手：一个是教导方面，另一个是执行方面。
一、纪律的教导方面
1. 执行纪律的重要性
教会领袖应在讲道、查经或平时的分享中向信徒灌输这个观念，让信徒知道执行纪律的重要性。加尔文认为︰所谓的教会必须符合三大特征，就是j宣讲福音k执行圣礼及l教会纪律，这样教会就有资格配称为教会了。加尔文非常重视教会的纪律，他认为教会纪律仿佛人身体内的神经一样，神经如果麻木了，教会便会瘫痪。因此在教会中必须执行纪律。透过纪律的执行，可让弟兄姊妹知道自己的过犯，而甘于受罚，在惩治的过程中，他可以思过悔改，把他们从罪中挽回过来，防止罪恶在教会中蔓延。
教会必须要执行某种纪律以保持圣洁，这是主所赋予教会的权柄，这是基于以下的经节︰太16︰19「我要把天国的钥匙给你，凡你在地上所捆绑的，在天上也要捆绑；凡你在地上所释放的，在天上也要释放。」，约20︰23「你们赦免谁的罪，谁的罪就赦免了；你们留下谁的罪，谁的罪就留下了。」；林前5︰2「你们还是自高自大，并不哀痛，把行这事的人从你们中间赶出去。」、7、13；帖后3︰14、15；提前1︰20；多3︰10「分门结党的人，警戒过一两次，就要弃绝他。」教会施行惩戒的目的，就是要保持耶稣基督教会之圣洁。如果教会中有的信徒犯了罪，首先要帮助他的罪恶之病得治疗；若是不可能的话，就只好隔离他，以免别的信徒传染到他的罪恶之病，因为罪恶是会传染的。
教会的牧者及长老必须按照马太福音十八章15-17节的原则来处理那犯了罪的人。但是马太福音第十八章的教训如果完全应用于教会纪律上就不是正确的应用，那是解决个人是非道德的原则，不是处理损害教会事件的原则，凡是使公众受损的，必须在公众之前更正。但若仅仅对某一个人造成损害的，却不一定要公开宣布，除非对方一直不肯悔改，那就按照马太福音十八章15-17节的原则来处理。
在教会里面负责维持纪律的人就是牧师、传道人；他们应当满有慈爱和公义，像主耶稣面对那位行淫的妇人与法利赛人时，他赞成执行摩西的律法，但是他也有怜悯和赦罪的恩典。所以牧师应该遵照圣经的原则去行。在惩戒个人对个人（不是个人对教会）的罪上面有以下四个步骤，就是按照马太福音十八15-20的原则执行教会的纪律︰就是如果有人犯了罪，牧长必须先要私下地警戒这人，劝他悔改，甚至带一两位成熟的属灵长辈劝戒他；若他不肯听劝，或不肯悔过，就要采取这一步骤︰就是可以禁止他领圣餐。如果当事人再不悔改，就必须经过当地教会同工会（如长执事会议）的通过而把犯罪者的名字当众宣布；若他仍不悔过，就要宣布此人已被革出教会。m最后，这人被革出教会之后，就完全失去了教会的团契，与众圣徒也失去了交通(太18︰17；林前5︰13；多3︰10)。
比方说︰若有会友埋怨或指控另一会友，牧师必须与指控者一同去向被控者当面对证，解决问题，若控告的人不敢当面作证，牧师就不应只听一面之词，替他去处理控告弟兄的事（太一八15-17）。如果原告及被告在牧师调停之下仍不能解决问题，牧师就必须请其他的人，如教会同工、长老或执事陪同原告去见被告。如果证实是被告不对，但他又不肯承认，就将问题交予教会处理。但我们要注意：教会维持纪律的原则是要尽量把弟兄挽回，不要随便动不动就开除会友，而牧师更不应该利用维持风纪的理由去开除那些反对他的人。教会开除会友是出于不得已的情况下。若有弟兄犯了很严重的罪行，又不肯悔改，经过多次劝告仍执迷不悟，教会在没有其他办法时，为着主与教会的名誉，才把他隔离或开除会籍，作为刑罚；但教会和牧师仍是盼望他悔改，把他挽回的。如同保罗说︰「这样的人受了众人的责罚也就彀了，倒不如赦免他，安慰他，免得他忧愁太过，甚至沉沦了。所以我劝你们，要向他显出坚定不移的爱心来。」（林后二6-8）、「弟兄们，若有人偶然被过犯所胜，你们属灵的人就当用温柔的心把他挽回过来；又当自己小心，恐怕也被引诱。」（加六1）处理信徒犯罪以后就必须做挽回和辅导的工作，让他们有悔改回头的机会。不然有一些犯了罪被处分的信徒，心中就会忿恨不平，从此在教会中就消失了，甚至不再做信徒，这是可惜的事，而基本上我们是没有实践「复和神学」的真理，以致引来消极的后果。所谓复合 (reconciling)：就是重修破坏的关系–人与人，或人与神。在纪律执行的过程中必须包括三方面事情。(1)管教/纪律(disciple)－目的乃是挽回肢体到神面前；(2) 认罪 (confession) －使对方知道错了，对人或对神；(3)宽恕 (forgiveness)－宽恕得罪我们的人或经历神给我们的宽恕或者一个犯罪的人经历教会的宽恕。
2 .对罪有清楚的观念
我们要分清那些是罪，该受惩治，就必需熟悉圣经的原则，在其中定出标准，如果教牧人员对圣经中有关纪律的教导不清楚，那么在遇到问题时就无所适从。教会必须处理的罪大致上可分为七类：
1．得罪了弟兄，却又不肯认错（太十八13-17）
2．假装爱主，欺哄圣灵（徒五1-11）
3．在教会中好为首，玩弄权术、争权夺利（约翰参书9）
4．背道结党说偏离真道的话（提后二17-18）
5．假师傅和假先知（彼后二1-3）
6．在行为、工作或信仰上专管闲事、不守规矩的人（帖后三6-14）
7．淫乱、贪婪、拜偶像等（林前五11-13）
以上有些是必须私下先处理的罪，就像刚刚我们所分享马太福音十八章15-17节的原则，但是有些是需要公开处理的罪，我们必须分辨清楚。接下来就是谈一些在圣经中公开执行纪律的例子。
二、纪律的执行方面
保罗曾经公开责备的罪如下︰
1. 教会姑息乱伦的人
保罗在哥林多书信中提到一种罪，他责备教会领袖包容、姑息犯乱伦的人，因为这样的人娶了自己的继母。哥林多前书第五章的主要责备不在那个犯淫乱的人，而是保罗责备领袖容忍那个犯罪的人，还自以为自己很宽大、很有爱心，保罗虽没有指出是谁，但是却在公开的书信上提起，那这样是不是会损毁那位犯罪者的名誉﹖会不会使会众觉得他们的属灵领袖包庇罪恶﹖保罗为何要公开处理呢？因为这个罪主要是全教会早已经知道了，只是没有好好尽责任的对付，从哥林多后书第二章四至七节看来，那些领袖们后来听从保罗的教训，向犯罪的人采取行动，而犯罪的人也似乎诚心悔改了，后来又因哥林多人对犯罪的人似乎太严厉了，所以保罗反过来劝他们要接纳他，因他已诚心悔改了，免得他忧愁太过甚至沉沦了。
2. 对不守规矩的人
保罗在提摩太后书第三章一至九节这一段公开责备一些以敬虔为得利门径的人。保罗在书信中责备，以弗所教会的人当然知道是甚么人，为甚么保罗不先写信劝告这些人，或个别与他们交通，证明他们不对，然后才在书信中责备呢﹖因为这些人对教会毁坏性的行动和扰乱是关系公众的，所以要公开指责，不是保罗个人跟这些人有甚么过节。在提多书第三章十至十一节，保罗亦责备一些分争结党的人。他对提多说：“分门结党的人，警戒过一两次，就要弃绝他，因为知道这等人已经背道，犯了罪，自己明知不是，还是去作。”一开头就说“警戒”，不是“劝告”而且警戒一两次，就要弃绝，因为他们明知不是，还是去作，可见分门结党的罪并非偶然犯的，是已经多次不肯服从使徒的劝告才至于结党的。「我们又劝弟兄们，要警戒不守规矩的人，勉励灰心的人，扶助软弱的人，也要向众人忍耐。」（帖前五14）
3. 传异端的人
在保罗的书信中除了不提名的指责之外，保罗也有提名的指责。比如提摩太后书第二章十七、十八节，公开地提到“许米乃”与“腓理徒”这两个人，经文说：“他们的话如同毒疮，越烂越大，……他们偏离了真道，说复活的事已过，就败坏好些人的信心。”在书信中保罗提到那两个人的名字责备他们，因为他们在信仰上有很严重的错误还不悔改，所以要让信徒明确的知道，是谁的信仰错误。
4. 教会中争权夺利的人
我们看看使徒约翰的做法，在约翰壹书第二章十八至十九节约翰如此说：“小子们哪，如今是末时了，你们曾听见说那敌基督的要来，现在已经有好些敌基督的出来了。从此我们就知道如今是末时了，他们从我们中间出去，却不是属我们的，若是属我们的，就必仍旧与我们同在，他们出去，显明都不是属我们的。”约翰说：“那敌基督的”要来，是指将来在大灾难中要出现的所谓“大罪人、“沈沦之子”，专指一个特别的人，但“好些敌基督的”是指教会里的假师傅、假使徒和假弟兄、假传道等，约翰说在他们中间已经有那些人，而且己经引起教会分争，从他们中间出去了，约翰在此公开但不指名地指责。可是在约翰三书九至十一节约翰则说：“我曾略略的写信给教会，但那在教会中好为首的丢特腓不接待我们。所以我若去，必要题说他所行的事，就是他用恶言妄论我们，还不以此为足，他自己不接待弟兄，有人愿意接待，他也禁止，并且将接待弟兄的人赶出教会。”使徒约翰说丢特腓妄论他们。丢特腓显然有一种错误，就是“好为首”。他在教会中追求权柄、地位、声誉、知名度，整个方向是错误的，他所以妄论使徒，也与他的好为首有关连。丢特腓既然在教会中妄论使徒、把热心接待人的赶出教会、制造教会分裂，使徒就在书信中公开责备他。
总结
从圣经的里面我们知道「门徒」，μαθηται（disciple这个字有学生、受训练者、跟随者、学习者和有纪律者（Discipline的意思），所以一个作主门徒的人，应当是一个学习主样子的人、跟随主脚步的人、受主装备训练的人和一个有纪律的人，不单是个人要有纪律，而教会就是一些门徒组织起来的团体，岂不也应当有纪律吗？耶稣要求跟随他的人说︰「我心里柔和谦卑，你们当负我的轭，学我的样式；这样，你们心里就必得享安息。」（太11:29）