「13只是作恶的和迷惑人的，必越久越恶，他欺哄人，也被人欺哄。14但你所学习的，所确信的，要存在心里；因为你知道是跟谁学的，15并且知道你是从小明白圣经，这圣经能使你因信基督耶稣，有得救的智慧。16圣经都是神所默示的（或作：凡神所默示的圣经），于教训、督责、使人归正、教导人学义都是有益的，17叫属神的人得以完全，豫备行各样的善事。」
这里所谓作恶的和迷惑人的（行邪术者）是与立志敬虔度日者相反的人，保罗预见他们将在恶事上变本加厉『往更糟的方向前进』，这些人将借着欺哄的手段努力向前进，终究必陷入自己所设的网罗中，「而恶人和骗子总会进到更坏，迷惑人也受人迷惑。」（吕振中译本）。
「但你所学习的，所确信的，要存在心里；因为你知道是跟谁学的。」（提后3:14），身为基督徒领袖更需要在真理上有所坚持来抵挡以上的谬误，如同狂风波浪中坚固的盘石一般。保罗鼓励提摩太要『持守』（中文和合本圣经翻译为「存」在心里、遵守、坚持、住在）他所学习的、所确信的（坚定相信的），存在心里或持守所学的。我们知道一个人如果要得自由的话，那他必须越多认识真理，那认识真理的方法就是遵守主的道。这个遵守主的道又可以翻译作「住在」主的话语里，我们如果天天将主的话语放在我们心里，在心里面遵守主的话语，昼夜思想，那么我们这个人就可以更多认识真理。可见得认识真理不是头脑上的知道多少，而是生活上实践多少，你实践主的话语有多少，你对真理的认识就有多少，而这样的学习才是有意义的学习。
相较于那些假教师不断的迎合新奇的事物，提摩太已经满足于他所领受的。这种对信仰的确信基于两个原因：首先就是他知道是跟谁学的，再来就是他从小就明白圣经。传道者本身的性格，紧密的反映在他的教导上，这种教导才深具影响力，以致于提摩太深深的认识他所学习的对象是谁，有使徒保罗、他自己的母亲友尼基与外祖母罗以，并那些引导他进入基督真理的人。他们的正直和诚实的人格，对提摩太不仅有信心的榜样也有真理的教导，以致于提摩太确知所信仰的必不虚谎，这就是属灵的影响力，总括来说身教与言教是属灵传承的两大要素。
「并且知道你是从小明白圣经，这圣经能使你因信基督耶稣，有得救的智慧。」（提后3:15）面对恶人的猖獗，提摩太要在圣经真理上更加装备自己以致可以预备行善。提摩太且要忠于他所领受的一切教训，一个传道人不仅要对神忠心，也要对圣经忠心。提摩太的母亲是犹太人，虽然父亲是希腊人（徒十六1）；提摩太显然是由他的母亲养育成人，可能提摩太自幼就用旧约圣经为识字课本，因此对圣经十分熟悉。犹太人认为教导孩童从小认识上帝的律法（妥拉Torah）是一种荣誉，他们认为婴孩在襁褓和吃奶的时候，便要开始学习律法，他们说律法已经深深刻在犹太孩童的心里，他可以忘记自己的姓名，但律法则永远不能忘记！所以，提摩太从幼年时便认识圣经。我们知道，当时保罗所指的圣经是旧约；因为新约圣经还未形成。倘若他宣称旧约圣经真实，那么，新约所记的宝贵信息岂不更真实吗？但我们也同时必须分辨一件事：一个人若是只知道圣经、明白圣经那还不足以使他得救，他还必须「相信」圣经所讲的耶稣基督，这样我们读圣经时就可以「有得救的智慧」，一个人必须在新约的亮光下才能看见旧约的真实意义。
「圣经都是神所默示的，于教训、督责、使人归正、教导人学义都是有益的，叫属神的人得以完全，豫备行各样的善事。」（提后3:16-17），「每一部受上帝灵感的经典、对于教导、对于指责、对于规正、对于训练人正义，全都有益，叫属上帝的人完备，完全准备着、可以行各样的善事。」（吕振中译本）我们必须注意保罗在这里指出一个明显的区别，他说『圣经都是上帝所默示的』，这是对比于诺斯底主义（灵智派）的信徒也有他们自己光怪陆离的书籍；异端邪说亦有他们自己的著述，支持他们的立场，但保罗认为这些著作只不过是人为的东西，人的著作经不起时间的考验，「天地要废去，我的话却不能废去。」（可13:31）；人心灵所需的伟大书籍乃是上帝所默示的话语，那是人类自古以来所需要和所尊崇的。「默示」inspiration（qeovpneusto”）原文直译是「神吹气」，圣经是由神「吹气」而成的，是神的启示（参彼后1:21），我们就想到创世记上帝对亚当的鼻孔吹气「他就成了有灵的活人」（创2:7），同样今天我们读圣经就是让上帝的话对我们吹气，使我们的灵魂苏醒过来。
圣经的价值有四处
保罗强调圣经于人有益，因为它是神所默示的，这个「有益的」，表示「有价值」的意思；其价值之处共有四处，也是应用的范围。
第一：教训（teaching，教导、教义），圣灵让人清楚明白纯正的道理与圣经信息，「只等真理的圣灵来了，他要引导你们明白（原文作进入）一切的真理；因为他不是凭自己说的，乃是把他所听见的都说出来，并要把将来的事告诉你们。」（约16:13）对真理正确的认识是应用的第一步。
第二：指责（rebuke，督责）就是圣灵把你思想和行为上的偏差与罪恶揭露出来，当我们愿意接受上帝的督责，才能脱离一切不信和罪恶的辖制。「神的道是活泼的，是有功效的，比一切两刃的剑更快，甚至魂与灵，骨节与骨髓，都能刺入、剖开，连心中的思念和主意都能辨明。」（来4:12）。圣经在督责的事情上有价值，它乃是叫做错事的人能觉悟过来痛改前非，并且把一条正的路指给他。接下来有三个故事都提到跟圣经怎样改变人生命的见证：在巴西有一位名叫安东尼的男子（Sinor Antonio of Minas）买了一本圣经来看一看，他认为好像没有什么价值；原本想带回家去把它烧掉的。但当他踏入家门口的时候，发觉火炉熄了。于是他好好地再点火炉，把圣经扔在炉中。但圣经没有立即着火，他把书中的各页打开，这样可以更快些烧掉。当他打开『登山宝训』那一段，当他等火焰烧毁这本圣经的时候，他注目望着它，他突然回心转意，伸手从火炉中取回这本书，他继续阅读，竟然忘记时间，一直读到深夜，到了次日早晨黎明前，他站起来宣称：「我信主耶稣了」。
另外有一位智利人圭路迦（Vicent Quiroga）发现一本书的残页；它是在沙滩上捡到的，他读了以后，心中一直不安，直到他找到全本圣经来阅读。他不单因此而变成一个基督徒，并且奉献余生，在智利北部被人遗忘的村落分派圣经。
在意大利西西里岛森林里的一个黑夜，有一个强盗用枪指着一个出外兜售圣经的男子。强盗命令他生一个营火，并且把他携带的书烧掉。他听命令点起火来之后，请求强匪准他在未烧圣经之前，在每本圣经里面挑出一小段经文来读。强匪同意了，第一本他先读诗篇廿三篇；下一本则读好撒玛利亚人的故事；从另一本读登山宝训；从另一本又读哥林多前书十三章。当他读完每一段的时候，那个强盗便说：『这是一本好书，不要烧掉它；把它送给我。』到了最后，连一本圣经也没有烧掉；那个强盗拿着圣经，走进树林的黑暗处。数年后，这个强盗再次出现，这次他是以牧师的身份出现；他的改变完全归功于阅读他所抢走的圣经。上帝会证明祂自己的话语是具有能力的，圣经可以光照人自己的过错，并且使人明白基督的大能。
第三：归正（correcting，纠正错误不再偏差）就是思想和行为的改变，圣灵也是我们生命改变的发动者，「因为你们立志行事都是神在你们心里运行，为要成就祂的美意。」（腓2:13）。
第四：教导（training，或训练人）学习过正直（学义，righteousness）和合神心意的生活，叫属上帝的人可以成熟（完全）到一个地步随时被装备好去行各样的善事（proV” pa’n e!rgon ajgaqovn）。
圣经的益处，有一个特定的目的。以希腊字(i@na，叫)为开始的子句往往指出目的或是结果「叫属神的人得以完全，豫备行各样的善事」，属神的人是特别针对基督徒教师，而不是泛指一般的基督徒（参提前六11），『属神的人必须首先是属圣经的人』，因为圣经在装备神仆人的事奉上，是最重要的。一个人得以完全（灵性成熟）不是圣经装备的目的，真正目的是预备好去作各种善事。在提摩太后书二21也提到一个人必须自洁，以脱离卑贱的事，最终也是为了预备行各样的善事，研究圣经能训练人学义，装备好自己去行各样的善事，这是一个必然的结论，学习圣经的目的切不可自私；不要单为自己灵魂的好处着想，人的悔改若只叫他思念自己的得救，而不理会其它，这种悔改就不真确！
行善是我们生命所必需的
研读神的道应该会导致应用到生命中去，结果圣经会改变我们，使我们更多遵行神的旨意。
- 若不将神的道应用到生命中，便不能真正认识神的道。耶稣在工作中曾多次与当时的宗教领袖相遇。这些领袖主要是法利赛人、文士，是当时公认的学者和精于犹太律法的宗教领袖；但是他们只有头脑上的认识，却没有将道理应用在个人的行事为人上。你可以成为一本活生生的圣经百科全书，脑子满了圣经知识。然而，你若不将知识实际地应用到日常生活中去，于你还是无益。如果我们只有研读神的话而不应用到生活上，那我们比耶稣时代的法利赛人和撒都该人，也好不了多少。
- 若你只研读神的话而不实行是危险的。没有行善的圣经研究是危险的，因为知识使人自高自大，使徒保罗说：「知识是叫人自高自大，惟有爱心能造就人。」（林前八7）。「自高自大」是包含满了骄傲以致专横的意思。圣经告诉我们说，魔鬼也认识神的话（太四1至11）。我们也晓得魔鬼是骄傲自高自大的，你若正确地将神的话用到生活中去，便可免除因骄傲而自高自大的危险。有圣经研究而没有应用，是危险的，因为知识需要有行动，人所有的认识应表现于行动。雅各宣告说：「你们要行道（命令语气），不要单单听道，自己欺哄自己」（雅一22）。神的命令是没有选择余地的，祂并不说：「请你们考虑去行善，好吗？」祂命令说：「要这样行！」神也要求我们要顺服。在登山宝训中，耶稣将顺服的门徒比作聪明人：「所以凡听见我这话就去行的，好比一个聪明人，把房子盖在盘石上。」（太七24）。当生命的试炼来临时，聪明人的生命站立稳固，而愚拙人就是那不实行他所认识的，他的生命便会倒塌了（太七25至27）。诗人写道：「我思想我所行的道，就转步归向祢的法度，我急忙遵守祢的命令，并不迟延。」（诗一一九59至60）。你也需要将你的认识化为行动，有圣经研究而没有应用是危险的，因为知识加重责任。你若看重圣经研究，便比平常人负更多责任，因为多加知识，便多加责任。雅各写道：「人若知道行善，却不去行，这就是他的罪了」（雅四17）。当你开始研读圣经时，神便会给你显明你生命中需要改变的地方，而这时你要负起更大的责任了。